重庆直辖后，为强化农业科技支撑，引领现代农业发展，市委、市政府于2005年12月批准以原市农科所、果树所、作物所、茶叶所、农机所等五所为基础，组建重庆市农业科学院。
根据农业部和重庆市政府联合组织专家论证通过的《重庆市农业科学院建设规划》，建院的总体目标为“西部一流，全国先进”;总规划面积为6,750亩;建设总投资8.5亿元;总体布局为“一个核心四大基地”，即以九龙坡区白市驿院本部为核心，重点建设集科学研究、学术交流、试验示范、引进集成、产业孵化、加工中试、农业会展为一体的农业综合创新基地，以永川、江津、三峡库区和武陵山区为四大支点，建立农业综合试验示范基地。
