园艺与植物保护学院是2006年9月学校根据学科建设与发展需要组建而成的二级学院，其办学历史最早可追溯到1902年张謇先生创办的通海农学堂。1971年原江苏农学院调整设立植物保护、果树、蔬菜专业，1982年在全国农业院校中最早将果树、蔬菜专业合并为园艺专业，1987年增设观赏园艺专业。学院现有植物保护、生态学、园艺、园林4个本科专业,2016年新增风景园林本科专业。
学院现有植物保护博士后流动站1个，植物保护一级学科博士点1个，植物保护和园艺一级学科硕士点2个，二级学科硕士点6个。拥有农业昆虫学、植物病理学、蔬菜学、果树学、农药学5个校级重点学科，有扬州大学水生蔬菜研究室省级研究机构1个，扬州大学应用昆虫研究所、扬州大学经济林研究所和风景园林设计与旅游规划研究所和扬州大学城市有害生物防治研究所等4个校级研究机构，有植物保护、园艺与园林2个校级教学实验室，有实验农牧场、智能温室等校内实习场所及中国农科院等校外实习基地20余个，是中国银杏研究会挂靠单位。
学院拥有一支职称、年龄、学历结构合理、素质优良的师资队伍，有教职工86人，其中教授20人，副教授30人。博士生导师13人，硕士生导师63人(含校外)。目前有全日制在校本科生近1000人，博、硕士研究生近300人、外国留学生数名，成教生300多人。
学院一贯坚持理论联系实际的优良传统，在教学、科研、科技开发与科技成果转化等方面具有鲜明的特色和优势。现有国家级精品课程1门(昆虫学)，省级一类优秀课程2门(植物病理学、昆虫学)，省级特色专业(植物保护)1个，省级品牌专业(园艺)1个，省“十二五”高校重点专业2个(园艺、植物保护)，校特色专业2个(园艺、园林)。“十二五”期间，学院新增科研项目650余项，其中国家自然科学基金38项，国家973子项目8项，国家公益性行业专项8项，实到科研经费6000余万元。教学科研成果再创佳绩，教师主编、参编出版的学术著作17部，发表SCI、EI、ISTP论文147篇，学院申请发明专利45项，获得专利授权34项目，制定行业标准20项，新品种审定11项，科研成果获得教育部科技进步一等奖1项，全国商业联合会科技进步一等奖3项，二等奖4项，市厅级科技进步奖5项。近年来共承担省级教改课题2项，校级教改课题8项，先后取得各级各类教学成果奖30多项。
学院一直注重对外交流与合作，与中国科学院和中国农科院等科研单位有着密切的科研合作关系，并与美国、日本、澳大利亚、德国、荷兰、香港、斯洛文尼亚等国家和地区建立了良好的合作关系。
“十三五”期间，学院将坚持以人才培养为根本，以学科建设为龙头，教学与科研并重，不断深化教育教学改革，加强学科建设和师资队伍建设，积极开展学术研究与学术交流，注重理论与实践相结合，服务社会经济发展，努力把学院建设成为教学、科研、科技开发与社会服务协调发展的研究型学院，为把学校建设成为高水平研究型大学作出更大的贡献。
