新疆农业大学农学院前身是原新疆八一农学院农学系，是1952年建校首批设立的五个系之一。初建时，为适应军垦农场对技术人才需要，实行多层次办学，设有农学四年制本科，粮食、棉花、园艺两年制专科和棉花两年制训练班。1955年开始招收植物保护专业专科(三年制)和农学民族专科;1958年开始招收民族本科;1985年植物保护和园艺专业从农学系分出，分别设系。1994年农学系和植保系合并成立农学分院;随着1995年新疆八一农学院更名为新疆农业大学，农学分院1998年更名为农学院。
在长达60多年的办学历史中，一大批新疆农业科技的奠基人和开拓者在本院任教，他们是：中国科学院院士、植物病理学家涂治教授，著名农学家王桂五教授，棉花育种家唐高远教授，著名昆虫学家张学祖教授、黄大文教授，著名植物病理学家张瀚文教授，著名小麦育种家冯祖寿教授等。
经过60多年的发展，学院现有作物工程系、遗传育种系、生物技术系、植物病理系和农业昆虫系等5个系;拥有作物学博士后流动站和一级学科作物学博士学位授权点，一级学科硕士学位授权点3个，二级学科硕士学位授权点9个和专业硕士学位授权点1个;建有教育部工程研究中心1个，国家级大学生校外实践教育基地1个，自治区级协同创新中心1个，自治区级重点学科1个，自治区级实验教学示范中心1个和校级重点实验室5个。学院现有教职工67人，其中教授13人，副教授10人，博士生导师8人，硕士生导师13人。全国优秀教师 1 名、自治区级教学名师 2 名;作物栽培学与耕作学和植物保护学教学团队为自治区高等学校教学创新团队;学院现有在校本科生1109人，硕士及博士研究生189人，博士后5人(据2015年6月统计)。
